お子さんのいる家庭の場合、移住に際して教育も気になる事項かと思います。お子さんが保育園児や小学生の場合、高島市には自然の中で遊びまわり人間としての基本的な能力を養える環境はたくさんあります。一方学業面では、合併前の６地域に、市立小学校が各々１〜３校、そして中学校が各１校ずつあります。高校に関しては、県立の高島高校と安曇川高校の２校です。私立に関しては、小中高いずれもありません。
多くの生徒達は、中学までは市内で通い、高校になると約３割が市外の学校を選ぶようです。塾に通う場合は、市内にもローカルな塾はありますが、大津市の堅田あたりまで電車で通うケースが多いようです。最近はオンラインの学習塾も増えていますので、そうした環境を活用するのも有効かも知れません。
なお、大学については、県内なら大津市内や草津市内、県外では京都や大阪への進学が多く、関東圏の大学に進学を考える学生は少ないように聞いています。